Basado en el resultado de las investigaciones practicadas, el Juez Rafecas procesó al Almirante Jorge Godoy, actual Jefe de la Armada Argentina y al Vicealmirante (RE) Benito Rótolo, quien fuera Subjefe de dicha fuerza armada, y dispuso el sorteo de un juzgado, con el fin de investigar la desaparición de “partes de información” y otras pruebas documentales comprometedoras que debían encontrarse en diversas dependencias de la Marina y que no fueron halladas al momento de efectuarse allanamientos judiciales en el marco de dicho expediente.
Tras la denuncia efectuada por el CELS (Centro de Estudios Legales y Sociales) por las presuntas actividades de inteligencia interna llevadas a cabo por los integrantes de la Base "Almirante Zar" de la Armada, en Trelew, Provincia de Río Negro, las que fueron denunciadas ante el Juzgado Federal de Rawson y donde fueran procesados los responsables de dicha unidad naval y sus superiores jerárquicos, se desprendió una causa con el objeto de investigar la responsabilidad de las más altas autoridades de la fuerza.
Dichas actividades consistieron en el seguimiento de actos en conmemoración de la Masacre de Trelew; la conmemoración del 24 de marzo de 1976; la realización de semblanzas de funcionarios nacionales, como en el caso de la Ministra Nilda Garré, el seguimiento de actividades de agrupaciones de Derechos Humanos y Sociales, entre otras, según informó el Centro de Información Judicial (CIJ).
Una ampliación de denuncia dió lugar a la causa por el delito de incumplimiento de los deberes de funcionario público, teniendo en cuenta las actividades de "espionaje interno" realizadas en la base naval de Trelew; en principio, entre 2003 y 2006, contra dirigentes sociales y políticos, com también el seguimiento de las actividades de los organismos de Derechos Humanos, donde fueron imputados el Almirante Godoy y el Vicealmirante (RE) Rótolo.
Dicho expediente recayó en el Juez Daniel Rafecas, titular del Juzgado Federal en lo Penal y Correccional Nº 3, quien pudo constatar que los imputados tenían conocimiento de las actividades de inteligencia interna que se desarrollaban en la base de Trelew, las cuales eran sistemáticas y permanentes, las cuales se encuentran prohibidas por la Ley de Seguridad Interior, omitiendo hacer cesar dicho accionar.
Según lo informado por el Centro de Información Judicial (CIJ), se pudo probar la participación activa y pasiva de la Dirección de Inteligencia Naval (DIIA) y el Comando de Operaciones Navales (COOP), integrando el Sistema de Inteligencia Naval, los que dependían, orgánica y directamente, de los imputados en el expediente.
Raúl Mansilla es el Delegado del INAES (Instituto Nacional de Acción Cooperativa y Economía Social) en la Provincia de Santa Fé; militante de Kolina, la agrupación que dirige la Dra. Alicia Kirchner, Ministro de Desarrollo Social de la Nación y a quien el FOB Rosario decidió escrachar públicamente a raíz de la falta de presentación del subsidio de esta organización, destinado a la adquisición de maquinarias y herramientas para el trabajo autogestivo que realizan.